1. สำหรับข้อมูลทางพันธุกรรมเรารวบรวมมาจาก website ของ NCBI  โดยเลือกสิ่งที่ต้องการค้นหา คือ nucleotide และใส่ keyword ลงไป

2.เปลี่ยน format ที่ได้เป็น FASTA format

 

3.copy DNA sequence ที่ได้ แล้วนำมา paste ลง notepad

4.นำ DNA sequence ที่ได้มาวิเคราะห์ด้วย program clustal X โดยมีขั้นตอนคือ

4.1 เปิด Program ClustalX คลิกที่ load sequences

4.2 เลือก file DNA sequence ที่เราได้เตรียมไว้แล้ว

4.3 คลิกที่ append sequence เพื่อเลือก DNA sequence ลำดับต่อไปที่เราต้องการนำมาวิเคราะห์

4.3 ทำซ้อข้อ 4.2 จนได้ DNA sequence ทั้งหมดที่เราต้องการ แล้วเลือกที่ select all sequences

4.4 คลิกที่ do complete alignment

4.5 จะได้ DNA sequence ที่ผ่าน alignment แล้ว และได้ file 2 file คือ .phy ซึ่งสามารถเปิดได้ด้วย notepad และ .dnd ที่สามารถเปิดได้ด้วย TreeView

5.คลิกที่ไฟล์ .dnd เพื่อเปิดโปรแกรมด้วย TreeView จะได้ guide tree

7.จากนั้นให้ทำการ rename output file ที่ได้จากโปรแกรม clustalx ที่มีนามสกุล .phy ให้เป็น file ที่มีชื่อว่า infile ที่ไม่ต้องมีนามสกุล แล้วเข้าไปวางไว้ใน folder exe

13.เปิดโปรแกรมที่ชื่อ seqboot.exe ทำให้เกิดชุดซ้ำของข้อมูลจำนวนมากเพื่อนำไปใช้ในการสร้าง phylogenetic tree

14. ภายหลังจากที่ได้ outfile ให้ทำการเปลี่ยนชื่อหรือ ย้าย infile ที่เรานำเข้าเพื่อที่จะได้เปลี่ยน outfile เป็น infile ใหม่ จากนั้นเปิดโปรแกรม dnadist.exe

ให้ทำการตั้งค่าดังนี้

ก) เปลี่ยนค่า Distance จาก F84 เป็น Kimura 2-parameter โดยการกด D แล้ว Enter

ข) เปลี่ยนค่า Form matrix จาก Square เป็น Lower-triangular โดนกด L แล้ว Enter

ค) กำหนด multiple data sets โดยกด M แล้ว Enter จากนั้นโปรแกรมจะถามต้องการใช้ข้อมูลเป็น multiple data sets หรือ weight ให้กด D แล้ว Enter เพื่อเลือก multiple data sets จากนั้นโปรแกรมจะถามจำนวน data sets ในตัวอย่างนี้ซึ่งในขั้นตอนที่ 8 เราเลือกเท่ากับ 100 จากนั้นกด Enter

ง) จากนั้น Y แล้ว Enter เพื่อให้โปรแกรมเริ่มทำงาน ซึ่งจะได้ผลลัพธ์เป็น outfile อีกครั้ง

15.จากนั้นทำการย้ายหรือลบ infile เดิม และทำการเปลี่ยนชื่อ outfile ที่ได้จากโปรแกรม dnadist.exe ให้เป็น infile แล้วเรียกโปรแกรม neighbor.exe

ก) เปลี่ยนค่า outgroup จาก 1 เป็น 5 โดยกด O แล้ว Enter แล้วใส่ตัวเลข 5 Enter

ข) กำหนดข้อมูลเริ่มต้นเป็น Lower-triangular โดยการกด L แล้ว Enter

ค) กำหนด multiple data sets โดยการกด M แล้ว Enter จากนั้นโปรแกรมจะถามจำนวน data sets ซึ่งเรากำหนดให้เท่ากับ 100 จากนั้นกด Enter แล้วตามด้วย random number seed ที่ใช้คือ 777 แล้ว Enter จากนั้นกด Y เพื่อให้โปรแกรมเริ่มทำงาน

16.จากนั้นให้เปลี่ยน outtree เป็น intree แล้วใช้งานกับโปรแกรม consense.exe จะได้ outtree ใหม่ ซึ่งสามารถเปิดกับ TreeView ได้ นี่คือ phylogenic tree

edit @ 19 Jan 2009 20:53:20 by DoRaePEET

edit @ 19 Jan 2009 21:32:16 by DoRaePEET